رفتارهاي کودکان اتیسم اغلب براي والدین و درمانگران مشکل آفرین و ناراحت کننده است. این رفتارها ممکن است نامناسب، تکراري، تهاجمی و خطرناك باشد و همینطور ممکن است شامل تکان دادن مکرّر دستها، حرکت مداوم انگشتان، تکان دادن بدن به جلو و عقب، گذاشتن اشیاء در دهان، و یا کوبیدن سر به
اشیاء دیگر باشد. کودکان اتیسم همچنین ممکن است به رفتارهاي خودآزاري مانند آسیب زدن به چشمان، و یا گاز گرفتن دستان خود عادت داشته باشند. این کودکان همچنین ممکن است نسبت به درد و سوختگی عکس العملی نشان ندهند. گاهی کودکانی نیز مشاهده شده اند که بدون دلیل به دیگران حمله
کرده اند. دلایل بروز این رفتارها در کودکان اتیسم هنوز به طور دقیق یافت نشده است و بسیار پیچیده میباشد ولی برخی از متخصصین معتقدند که اختلالات در حواس پنجگانه کودك میتواند باعث بروز این رفتارها شوند و کودك با این رفتارها میخواهد این حواس را ارضاء کند.
مهارتهاي ارتباطی نیز (هم کلامی و هم نوشتاري) مشکل مهمی در کودکان اتیسم می باشد. آنها نمی دانند که ارتباط چگونه برقرار شده و چه اهمیتی دارد همچنین این کودکان اغلب در شروع ارتباط و برقراري ارتباط دو طرفه مشکل دارند. بسیاري نیز مشکلات گفتاري دارند و ممکن است هیچگاه در طول زندگی
خود صحبت نکنند و یا اینکه دیر شروع به صحبت کردن بکنند. بعضی از این کودکان هم ممکن است از مهارت کلامی به نحو نادرست استفاده بکنند مثلاً هر کلمه و یا جمله اي که به آنها گفته میشود را تکرار میکنند (تکرار طوطی وار) و یا اینکه فقط از کلمات تک براي ارتباط استفاده میکنند. البته باید یادآور شد که مشکلات
ارتباطی میتوانند باعث بروز ناهنجاريهاي رفتاري شوند مثلاً کودکی که قادر نیست نیاز خود را بیان کند ممکن است شروع به فریاد کشیدن و یا خودآزاري کند.
روشهاي فراوانی براي بهبود مشکلات اجتماعی، کلامی، حواس، و رفتارهاي اختلالی تهیه شده است. برخی ازاین روشها عبارتاند از: اي بی ِاي، آموزش جزء به جزء، فلور تایم، داستانهاي اجتماعی، و بهبود مجموعه حواس پنجگانه.